Vesijärven kasvillisuus on poikkeuksellisen arvokas. Järveltä on löydetty enemmän vesikasvilajeja kuin yhdeltäkään toiselta Suomen järveltä. Lajistoon kuuluu useita maassamme uhanalaiseksi luokiteltuja kasveja. Pääosa uhanalaisten ja harvinaisten kasvien kasvupaikoista sijaitsee Natura-alueiden ulkopuolella.
Kasvillisuuden erityspiirteitä on murtovesilajien runsaus (mm. karvalehti, uposvesitähti, merivita ja hentovita) ja monet harvinaisuudet, joita Suomessa tavataan vain muutamasta paikasta.
Kasvilajistoon kuuluu seitsemän uhanalaisiksi luokiteltua lajia. Osa näistä lajeista tulee toimeen syvässä vedessä ruovikon ulkopuolella, mutta osa kasvaa pelkästään matalassa vedessä hiekka- tai hietapohjalla. Matalan veden kasvit ovat hentoja ja useimmat niiden kasvupaikoista ovat ulompana kasvava ruovikon suojaamia. Uhanalaisia ja harvinaisia lajeja kasvaa myös loma-asuntojen auki pidetyillä rannoilla. Kasvupaikkoja on etenkin Kirkonselällä, Laitialanselän etelärannalla ja Vehkosaaren–Vaanian alueella.
Uhanalaisista lajeista silonäkinpartaa ja tähtisilopartaa on Hollolanlahden suojaisilla rannoilla. Tähtisilopartaa esiintyy myös Kajaanselällä.
Rauhoitettua notkeanäkinruohoa oli Vesijärvellä vielä vuonna 1995, jonka jälkeen sitä ei ole havaittu. Hentonäkinruohoa esiintyy muutamassa paikassa, samoin jouhivitaa, joka kuitenkin on todennäköisesti häviämässä.
Kasvillisuuserot Vesijärven eri osissa tasoittuvat
Rehevän eteläisen Vesijärven kasvillisuus poikkesi aiemmin selkeästi karummista Kajaanselästä, Laitialanselästä ja Hollolanlahdesta. Järven puhdistuttua erot ovat vähentyneet. Lahden lähivesien ruovikot ovat pienentyneet ravinteiden vähetessä ja mm. ruskoärviä ja järvisätkin ovat palanneet kasvilajistoon. Valitettavasti muualla Vesijärvellä esiintyneet harvinaiset kasvilajit ovat vaikeuksissa. Valoa tarvitsevat pohjalehtiset kasvit ovat vähentyneet 1980-90-lukujen tilanteesta erityisesti Hollolanlahdella.
Vaikuttaa siltä, että rehevämpien suojaisten ranta-alueiden kasvillisuus on karuntumassa, mutta selkävesien tila heikentymässä. Jos kehitys jatkuu näin, eri osien kasvistolliset erot tasoittuvat. Vesijärven tunnetuksi tehneet kasvilajit joutuvat samalla entistä ahtaammalle.
(Lähteet: Vesijärvi Salpausselkien tytär, 2010 ja Esa Lammi eri julkaisuja).