Hammonjoki on ainoita Vesijärven valuma-alueella sijaitsevia jokia, joissa on luontaisesti lisääntyvä taimen- ja puronieriäkanta. Vuonna 1996 perustettiin kaksiosainen kalastuskohde. Syksyllä 2006 toteutettiin Hammonjoella ja sen latvajoilla, Laavijoella ja Sepänpurolla, kalataloudellinen kunnostus jolla pyrittiin mahdollistamaan erityisesti taimenen kulku lisääntymisalueilleen. Työt saatiin pääosin tehtyä 2006 mutta joitakin pieniä kohteita ja viimeistelyjä toteutettiin vuonna 2007.
Kunnostustöitä tehtiin yhteensä 7 eri kohteessa: Laavijoella, Hölyn virtapaikalla (Sepänpuro), Rintalan myllykoskella (Sepänpuro), Penakankoskessa (Sepänpuro), Isomyllykoskella (Hammonjoki), Koveroistenkoskessa (Hammonjoki) sekä Hammonkoskessa (Hammonjoki). Koveroistenkoskessa ollevaan vanhaan myllypatoon tehtiin aukko jotta kalojen kulku ylävirtaan olisi mahdollista.
Joen ja sen ympäristön kunnosta pidetään edelleen huolta talkoovoimin. Lahden perhokalastajat yhteistyössä Uskilan osakaskunnan kanssa ovat tehneet mm. portaita joen vieressä kulkevalle luontopolulle, raivanneet jokeen kaatuneita puita sekä kunnostaneet kutusoraikkoja ja suojapaikkoja. Talkoilla ja hankkeiden ja oppilaitosten avulla on myös poistettu rannalta jättiputkia.
- Kutusoraikkojen kunnostustalkoot, ajankohtaista artikkeli 9.9.2020
- Hammonjoen kalataloudellinen kunnostus
- Hollolan Hammonjoen kalataloudelliseen kunnostukseen liittyvä vesistötarkkailu loppuvuodesta 2006
Koulutuskeskus Salpauksen opiskelijoita Päijät-Hämeen Kalatalouskeskuksen järjestämässä soraikkojen kunnostuspäivässä syksyllä 2020.